沪西校区位于上海市普陀区真南路500号。校舍占地面积405.9亩（含生乐、桃李公寓，不含家属区土地面积），校舍总面积23.36万平方米。

学校在校区实行以条为主，条块结合的管理模式与运作机制。设有医学院、管委办、保卫办、能源办及同济科技园沪西园区及其他常驻单位共10余个。共有在编职工246人，其他人员589人，办学单位1个（医学院），学生约4992人。

随着学校发展的需要，医学院的迁入，沪西校区也逐步转型成为一个以医学科发展为中心的医学园区，校区环境与基础设施得到明显改善，校区房产资源得到进一步调整与利用，校区面貌焕然一新，呈现一派朝气蓬勃的新景象。